A főhős, Kudou Shinichi, 17 éves középiskolai diák. Kitűnő tanuló, társaihoz képest kiemelkedő intelligenciával, aki szabadidejében a helyi rendőrség munkáját segíti. Egyik nyomozása során egy veszélyes bűnbandát próbál meg lefülelni, ám az akció balul sül el: csapdába csalják és leütik. Ellenfelei egy kísérleti mérget adnak neki, ami nem öli meg, csak visszaformálja testét 10 évvel korábbi állapotába. Hogy elrejtse személyazonosságát támadói elől, felveszi a Edogawa Conan nevet. Továbbá beköltözik gyerekkori barátjához, Mouri Ranhoz, és a magánnyomozó apjához, Mouri Kogoróhoz, annak reményében, hogy megtalálja a támadóit. Mivel nyomozói képességei nem változtak, tovább folytatja a bűnügyek megoldását, amiben a szomszédjától és barátjától, Agasa professzortól kapott szerkezetet segítik. Mivel gyerekként nem vennék komolyan a felnőttek, általában Mouri Kogoro nevében beszél (őt elaltatja és hangmodulátor segítségével utánozza a hangját)